2005년 12월 윤승균은 한 나이트클럽에서 만난 여성을 집에 데려다 주겠다며 차에 태운 후 성폭행한 혐의로 기소되었고, 결국 2006년에 임의탈퇴 공시된다.
서울서부지방법원에서 징역 2년 6개월, 집행유예 3년, 성폭력치료강의 40시간 이수를 선고받는다. [1]
윤승균은 이후 "잘못을 반성하고 있으며, 새로운 야구선수로서 거듭나고 싶다."라고 밝혔지만, 한국프로야구 선수에게 요구되는 도덕적 잣대를 굳이 엄하게 들이대지 않더라도 이 사건은 쉽게 용서가 될 만큼 가벼운 일은 아니라는 의견이 다수인 듯하다.
2007년 5월에 임의탈퇴가 풀린 이후 지속적으로 1군 복귀를 시도하지만, 그 때마다 팬들의 십자포화를 받으며 2008년 11월 30일에 다시 임의탈퇴 공시되었다.
그리고 2010년 시즌 종료 후 임의탈퇴가 풀리자 KIA 타이거즈 2군에 합류하여 입단 테스트에 관한 기사가 나왔는데, 매스컴을 타면서 입단은 없던 것으로 되었다.ㄹㅇ 이정도면 타 팀이 범죄 저지르고 기아가 그 선수 주워가는 듯.
여담으로 이 사건이 매스컴을 뒤늦게 타면서 범죄두(또는 범두) 드립이 나오기 시작했다.